日本与欧盟大幅调高农产品准入门槛对中国影响重大中国农产品的第一与第二大出口市场，日本与欧盟大大提高了其农产品的准入门槛，对中国优势农产品出口将产生重大影响；中国商务部将到中国主要农产区分期分批开展培训，以帮助企业及时调整生产，正确应对日本与欧盟食品安全新法规。
11月28日，中国商务部在北京举办了「欧盟、日本食品安全新法规与中国农产品出口研讨会」，希望借此指导中国农产品生产企业提高产品质量及安全水准，以应对日本和欧盟越来越高的要求。
在全球高度重视食品安全的大背景下，发达国家纷纷透过立法制订严格的强制性技术法规。作为中国农产品的第一与第二大出口市场，日本与欧盟也大大提高了其农产品的准入门槛。
日本将于2006年5月起正式施行《食品中残留农业化学品肯定列表制度》。该项制度明确设定了进口食品、农产品中可能出现的734种农药、兽药和饲料添加剂的近5万个暂定标准，大幅抬高了外国对日本出口农产品的门槛。经有关部门初步分析，日本「肯定列表」制度将对中国农产品出口造成严重影响。其中，受影响较大的农产品和食品主要包括稻、小麦、黑麦、大麦、荞麦、玉米等36个种类；受影响较大的畜禽及水产品主要包括猪肉、鸡肉、蜂蜜、鳗鱼及甲壳类水产品等5个类别。另外，对茶叶、蔬菜等中国具有比较优势的农产品影响也十分巨大。
此外，欧盟也将于2006年1月开始实施食品及饲料安全管理新法规。该项新法规强化了食品安全的检查手段，大大提高了食品市场准入标准，尤其对中国的肉类出口，提出了更高的要求。以前中国出口到欧盟的肉类产品，不管采取何种措施，只要达标即可出口。但欧盟即将实施的新法规在三个方面发生了重大变化：一是所有食品都适用该法规，且新法规将不再把食品安全和贸易混为一谈，只关注食品安全问题；二是要求实行食品供应链（即从农场到餐桌）的综合管理。其特别加入的「善待动物」福利条款，向中国肉类企业提出了更高的要求；三是具有责任可追溯性，问题食品将被召回。这就意味着中国今后向欧盟出口的农产品，不但要符合欧盟食品安全相关标准，还要放大食品安全管理链条。
相关统计数据显示，日本和欧盟分别是中国农产品的第一与第二大出口市场，共占据着中国农产品对外出口总额的43.3%。