扩区之后的上海自贸区管理架构盖头掀开。
　　
　　4月27日，上海市政府副秘书长、上海自贸区管委会常务副主任、浦东新区区长孙继伟在上海自贸区扩区工作情况说明会上介绍，在上海市层面，设立自贸区推进工作领导小组及其办公室，在浦东新区层面，自贸区管委会与浦东新区人民政府合署办公，“合署不是简单的合二为一，更不是用旧瓶装新酒，而是面临着重大的改革创新。”
　　
　　当天上午，上海自贸区扩展区域正式揭牌亮相。
　　
　　实行双主任体制
　　
　　孙继伟表示，按照“有利推进，减少震动，强化统筹，有效衔接”的原则，对上海自贸区管理体制进行相应的调整。自贸区管委会主任由市政府分管领导和浦东新区区委主要领导共同担任，即上海市委常委、上海市副市长艾宝俊，上海市委常委、浦东新区区委书记沈晓明，共同担任自贸区管委会主任的双主任体制。在浦东新区层面，自贸区管委会与浦东新区人民政府合署办公，承担统一管理自贸区各功能区域，推进浦东全区落实自贸区改革试点任务的主体责任。上海自贸区管委会内设3个职能局，分别是综合协调局、政策研究局、对外联络局，承担自贸区改革推进、政策协调、制度创新研究、统计评估等职能。在片区层面，设置5个区域管理局，分别是保税区管理局、陆家嘴管理局、金桥管理局、张江管理局、世博管理局。
　　
　　“合署办公，是扩区以后体制改革的一个特色，也是扩区以后的亮点。”孙继伟说，把自贸区的建设和试点落在完整的一级政府框架下、在常态化情况下进行探索和创新，而不是放在特殊的机制或者临时的机制里进行试验，更加具有意义，更加具有试验价值。
　　
　　领导小组办公室调整
　　
　　上海自贸区扩区之后，上海自贸区推进工作领导小组办公室的职责也进行了相应的调整。
　　
　　上海市政府副秘书长、上海自贸区推进工作领导小组办公室主任陈寅在情况说明会上表示，为适应扩区后管理体制调整的新情况，上海市科委、市质监局的负责人士也加入了领导小组中，并对领导小组办公室作了进一步调整，并明确要充分发挥其统筹协调作用。
　　
　　陈寅说，在2013年上海自贸区启动初期，上海市成立了领导小组，“有杨雄市长，屠光绍副市长，艾宝俊副市长，浦东新区区委书记沈晓明，周波副市长以及相关秘书长，和市政府相关部门人员共同组成了领导小组。”
　　
　　据陈寅介绍，领导小组办公室设在上海市发改委，职能包括研究制定上海自贸区深化改革方案和年度工作安排，争取重要政策突破，分析研究国际高标准贸易规则体系，加强与其他地方自贸区的跟踪分析，加强与国家部委的沟通联系，跟踪上海自贸区试点进展情况等。
　　
　　陈寅透露，今年已经制定了涉及6个方面35项工作安排。