虽然具体方案还在制定中，但福建自贸园区的功能指向已经十分明确，那就是重点面向台湾。这一消息引发台商、专家等两岸业界热议。
　　

业界认为，福建自贸园区主打“台湾牌”，就是将积极对接台湾的“六港一空自贸区”（台湾称“自由经济示范区”），共同拓展国际市场。有台商认为：“此过程会加速两岸经济融合，促进闽台经济一体化，就能给产业界带来实实在在的红利。”
　　
　　台湾名嘴邱毅接受晨报记者专访时则指出，福建自贸园区最有条件与台湾自由经济示范区对接。双边的对接合作，将带来双赢，不仅会有效刺激台湾当前“闷经济”局面、进而改变台湾这种经济发展困境，也会为福建发展扩容带来一次历史难得的机遇。
　　
　　对接台湾“六港一空”
　　
　　台湾大学经济学博士、台湾“中国石油”常务董事、前“立委”邱毅接受晨报记者专访时指出，福建自贸园区的优势是“对台”，一旦正式设立，对两岸来说，将是一个新的里程碑。
　　
　　邱毅指出，2013年3月，台湾有关部门公布“自由经济示范区”规划方案，形成“六港一空一园区”，重点发展智慧物流、国际健康、农业加值、金融服务及教育创新五大领域产业。分析认为，通过两岸自贸园区对接，物联网应用、智慧城市、文化创意、云计算、生物科技等台湾的优势产业，均可先行先试，与大陆展开深入合作。
　　
　　长期进行产业研究的台湾拓璞产业研究所所长张光平指出，台湾业界非常期待与大陆合作开拓市场。两岸应放宽人流、资金流管制，两岸从生产制造合作转向研发合作、技术转移，相互投资培养新企业，发展新产品和服务。
　　
　　服务业对接走出厦门特色
　　
　　邱毅告诉晨报记者，目前台湾的建设重心放在高雄港区，慢慢会逐渐北上至台中、桃园、台北等，“厦门与台湾这些自经区除了传统的经贸、货运方面合作外，也还包含旅游等服务业”。
　　
　　上海财经大学经济学博士、自由贸易区研究中心副主任陈波指出，厦门可以和台湾在承接台湾加工业、学习借鉴（台湾）旅游文化服务业的经验、人民币跨境投资、结算便利化等方面创新合作，走出独有的特色。
　　
　　厦门大学台湾研究中心副主任李非也认为，共赢首先要合作，合作首先要对接。在两岸经济贸易交流中，厦门的条件是成熟的，但厦门也有自己的弱势，市场总量不够大。所以厦门要联合泉州、漳州一起来做。这样就把市场总量做大，把腹地做大。在探讨两岸经贸交流时，不要只考虑厦门自己的利益，要把眼光放宽一点，放到闽南，放到福建，放到海西，甚至放到大陆的中西部地区。