在福建自贸试验区总体方案的主要任务中，涉及检验检疫的创新政策16项，其中由检验检疫部门牵头推进实施的11项，主要体现在简政放权、两岸检验检疫监管合作、通关制度创新等方面。围绕福建自贸区发展定位，福建检验检疫局在制度和监管模式创新上超前思考。
　　
　　记者从福建检验检疫局获悉，该局还突出对台特色，兼顾复制、推广和拓展上海自贸区8项检验检疫创新政策。在发挥平潭自贸试验区、综合实验区的“两区叠加”效应中，福建检验检疫局借鉴香港、新加坡等自由港管理理念，探索支持平潭自由港建设的特殊政策。
　　
　　第二批自贸试验区申报启动后，福建检验检疫局就与厦门、广东、天津等直属检验检疫局建立多层次沟通协作渠道，同研共促。福建检验检疫局主动协调厦门检验检疫局，就自贸试验区总体方案的修订、试验项目清单的制订、政策措施的解读等内容密切沟通协调，做到步调一致。
　　
　　中国（福建）自由贸易试验区正式挂牌在即，福建检验检疫局各项准备工作基本到位。福建检验检疫局局长支毅隆表示，自贸试验区建设为福建检验检疫局部门好地服务和促进福建科学跨越发展提供了新的平台和机遇，主动谋划站位，呼应推动促进，开展政策研究，最大限度发挥检验检疫的职能作用，全力支持福建自贸试验区加快启动建设。
　　
　　2014年5月，福建省形成自贸试验区总体方案（初稿）后，福建检验检疫局先后多次赴京向质检总局及有关司局专题汇报福建自贸试验区建设有关工作，取得指导和支持。2015年2月2日，质检总局在福州召开自贸试验区检验检疫工作专题研究会议，初步形成了质检总局支持自贸试验区发展的意见。