为防范自贸试验区简化审批管理可能带来的税收风险，福建省国税局自行开发和推行“税收风险管理信息系统”，应用大数据加强自贸试验区片区税收风险管理，利用数据采集分析、风险提醒评估等风险防控功能，将企业涉税风险控制在底线之内。
　　
　　一、应用大数据功能，实现企业基础数据集中采集和智能分析。系统自动根据需要收集业务系统数据、管理中产生的数据，结合从政府各部门、金融机构和公用事业单位所获取的企业涉税数据第三方数据，自动进行数据分析和辅助决策的检索、统计，定期自动扫描并计算出分值和权重，指定不同得分范围对应的风险级别，实现风险提示、提醒智能化。
　　
　　二、以风险级别为导向，实现风险应对与质效评价。系统设置风险应对模块“纳税评估V3.0”，根据风险级别排序，推送风险应对任务，采用风险提示、纳税评估、税务稽查分级应对低、中、高税收管理风险。同时对涉税提醒执行、纳税评估补税、转入稽查应对实施等情况进行纵向、横向分析和统计，应用数据进行结果质效评价和监控。
　　
　　三、以脉络图透视企业，实现企业关联关系监管。全国首创的“关联关系透视”模块，以脉络图或列表形式展现企业具有相同的法定代表人、投资方、经营地址、财务负责人、总分机构关系和购销关系的关联纳税人。一是清晰直观地掌握企业间关联关系，预防企业利用关联关系调节销售价格、转移利润，导致不缴或少缴税款的税收风险；二是通过分析购销企业间发票流、货物流与其所属行业的对应关系，可识别虚开发票的税收风险；三是通过多层关联关系透视，对企业进行链式分析，可识别和防控企业将营业收入通过在多个企业间流转，从而隐藏收入、少报税款行为；四是利用关联关系，可更加精准地收集“走逃户”信息。
　　
　　四、推行“票表比对”， 实现事中分析预警。“票表比对”功能整合了防伪税控系统、网络发票系统的开票数据与税收征管软件的报税数据，对企业开票信息与申报信息进行比对，该功能位列全国国税系统前列。一是实现以信息化手段实时监控，将比对环节前移，在申报环节就可以提示风险，及时纠正纳税人少报、错报行为，使管理模式从“事后发现纠正”向“事中分析预警”转变；二是该功能能够及时发现有虚开发票意图、恶意少报收入的税收风险，以更加科学的管控方式提高税收遵从度；三是消除监控盲点，扩大风险管理覆盖面。该功能将监控范围扩大，监控票种从增值税专用发票扩大到所有发票，监控对像从一般纳税人扩大到所有纳税人。